Mewn plant ifanc, os bydd annormaledd hormonaidd, gall triniaeth gynnwys pigiadau o Testosteron, mae'r dosage a rheoleidd-dra yn cael eu gosod gan yr endocrinolegydd. Mae'r driniaeth ddilynol hon yn cynyddu maint y pidyn. Pan fydd y micropenis yn cael ei achosi gan feinweoedd y pidyn sy'n ansensitif i testosteron, nid yw'r driniaeth hormonaidd hon yn cael unrhyw effaith.

Po gynharaf y canfyddir y micropenis, y cyflymaf y rhoddir y driniaeth ar waith, y mwyaf effeithiol fydd hi. Efallai y bydd angen triniaeth hefyd o amgylch y glasoed. Ar ôl y glasoed, nid yw triniaeth hormonaidd bellach yn effeithiol oherwydd nad yw'r meinweoedd yn ymateb yn yr un ffordd mwyach.

Triniaeth lawfeddygol o'r micropenis     

Pan fyddant yn oedolion, pan nad yw'r micropenis wedi cael ei drin neu pan nad yw'r driniaeth wedi bod yn ddigon effeithiol, bydd y llawdriniaeth yn bosibl. Fodd bynnag, nid yw bob amser yn cyflwyno canlyniadau argyhoeddiadol.

Y rhan o'r ligament dros dro gellir cynnig y pidyn, sy'n mynd o'r pidyn i'r pubis. Nid yw’n addasu’r pidyn mewn unrhyw ffordd ond yn rhannol yn ei dynnu oddi ar y pubis, gan wneud iddo ymddangos yn hirach. Yr ennill a welwyd yw 1 i 2 cm yn y cyflwr flaccid a 1,7 cm wrth ei godi. Mae'r estyniad hwn yn cael ei gaffael ar gost pidyn codi ansefydlog, gan ei fod mor gysylltiedig â'r pubis, a all wneud treiddiad yn llai hawdd.

Ypigiad braster awtologaidd yn golygu chwistrellu braster y pwnc o dan groen ei bidyn. Nid yw hyn yn ymestyn y pidyn mewn unrhyw ffordd, ond yn weledol yn ei gwneud yn fwy trwchus. Dim ond rhan o'r braster sy'n cael ei roi nad yw'n cael ei amsugno gan y corff dros amser (10 i 50% yn dibynnu ar y pwnc). Gall yr ail-amsugno fod yn anwastad ac arwain at ymddangosiad pidyn “rosari”.

Gall y micropenis gael ôl-effeithiau seicolegol sylweddol, yn enwedig yn ystod llencyndod, mae'n bwysig bod y person yn cael cymorth a bod ei amheuon yn cael eu hystyried.